在高新技术企业认定中，委托开发、合作开发等不同的开发方式在申请研发费用加计扣除有以下两个方面的规定：

一、委托开发

《财政部国家税务总局关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》（财税〔2015〕119号）*二条*1款规定，企业委托外部机构或个人进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方研发费用并计算加计扣除，受托方不得再进行加计扣除。委托外部研究开发费用实际发生额应按照独立交易原则确定。

委托方与受托方存在关联关系的，受托方应向委托方提供研发项目费用支出明细情况。

企业委托境外机构或个人进行研发活动所发生的费用，不得加计扣除。

《国家税务总局关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告》（国家税务总局公告2015年*97号）*三条规定，企业委托外部机构或个人开展研发活动发生的费用，可按规定税前扣除；加计扣除时按照研发活动发生费用的80%作为加计扣除基数。委托个人研发的，应凭个人出具的发票等合法有效凭证在税前加计扣除。

企业委托境外研发所发生的费用不得加计扣除，其中受托研发的境外机构是指依照外国和地区（含港澳台）法律成立的企业和其他取得收入的组织。受托研发的境外个人是指外籍（含港澳台）个人。

委托方与受托方存在关联关系的，受托方应向委托方提供研发项目费用支出明细情况。

企业委托境外机构或个人进行研发活动所发生的费用，不得加计扣除。

二、合作开发

《财政部国家税务总局关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》（财税〔2015〕119号）*二条*2款规定，企业共同合作开发的项目，由合作各方就自身实际承担的研发费用分别计算加计扣除。